東近江市は、滋賀県の南東部に位置し、北は彦根市、愛荘町、多賀町、南は竜王町、日野町、甲賀市、西は近江八幡市と接しており、東は三重県との県境になっています。
地形は東西に長く、東に鈴鹿山系、西に琵琶湖があり、愛知川が市域の中央を流れています。また、市の南西部には日野川が流れています。この両川の流域には平地や丘陵地が広がり、緑豊かな田園地帯を形成しています。さらに地域内には箕作山（みつくりやま）や繖山（きぬがさやま）などが点在し、豊かな自然に恵まれています。
総面積は、約388平方キロメートル（滋賀県総面積の約9.7％）で、高島市・長浜市・甲賀市・大津市に次いで県内で5番目に大きな市です。